Το εργαστήριο Μεσαιωνικής Ελληνικής Φιλολογίας ιδρύθηκε βάσει του Π.Δ. 331 (ΦΕΚ 279/19.11.2002), με κύριο στόχο την κάλυψη των δι­δακτικών και ερευνητικών αναγκών του Τμήματος, σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο, στα γνωστικά αντικείμενα της οι­κείας ειδίκευσης (Λόγια Βυζαντινή Φιλολογία, Δημώδης Βυζαντινή και Μεταβυ­ζα­­­ντι­νή Φιλολογία, Ελληνική Γραμματεία της Ύστερης Αρχαι­ότη­τας/ Πρώ­ιμου Βυζα­ντί­­­ου, Ελληνική Παλαιογραφία/Κωδικολογία και Κριτική των Κειμέ­νων, Σχέσεις της Βυ­­ζα­ντινής Γραμματείας με τη Λατινική Μεσαιωνική και Αναγεν­νη-σια­κή Γραμματεία). Στους στόχους του συμπεριλαμβάνονται επίσης η συνεργασία με ερευ­νητικά κέντρα και ακαδημαϊκά ιδρύματα της ημεδαπής και της αλλοδαπής, τα οποία θεραπεύουν τα ίδια ή συναφή γνωστικά αντικείμενα και εξυπηρετούν αντί­στοι­χους επιστημονικούς σκο­­­πούς, η διοργάνωση επιστημονικών εκδηλώσεων (διαλέξεις, ημερίδες, σεμινάρια, επι­­­στη­μονικά συνέδρια κ.τ.ό.), η πραγματοποίηση επιστημονικών δημοσιεύσεων και εκ­­­δόσεων και η πρόσκληση Ελλήνων και ξένων αναγνωρισμένων επιστημόνων από τον κλάδο της Μεσαιωνικής Ελληνικής Φιλολογίας και συναφείς επιστημονικούς κλά­δους. Διευθυντής του εργαστηρίου από το 2004 έως το 2020 διε­τέ­λε­σε ο Καθηγητής Αλέ­­­ξαν­δρος Αλεξάκης, ενώ από τον Αύγουστο του 2020 τη διεύ­θυν­ση ανέλαβε η Επί­κουρη Κα­θη­γήτρια Ελένη Καλ­τσο­γιάννη.

Το εργαστήριο Μεσαιωνικής Ελληνικής Φιλολογίας στεγάζεται στον πρώτο όροφο του κτηρίου της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και φιλοξενεί το Αρ­χείο Μεταπτυχιακών και Διδακτο­ρι­κών Διατριβών της ειδίκευσης ΜΕΦ καθώς και συλ­λογή μικροταινιών μεσαιωνικών χειρογράφων (ένα μέρος τους αποτελεί δωρεά του Ομότιμου Καθηγητή Από­­στολου Καρπόζηλου). Διαθέτει δύο ηλε­κτρονικούς υπο­λο­γι­στές, που παρέχουν πρό­σβαση στις ηλεκτρονικές πηγές του Πα­νε­πιστημίου Ιωαν­νί­νων καθώς και σε σχε­τι­κό ψηφιακό υλικό (ηλεκτρονικά βιβλία και πε­ριοδικά), και έναν σαρωτή εγγράφων (scanner). Η συγκεκριμένη υλικοτεχνική υπο­δομή, παρόλο που εξυπηρετεί κυρίως τις ερευ­νητικές ανάγκες των μεταπτυ­χια­κών φοι­­τητών και των μελών ΔΕΠ, είναι ωστόσο κατά περίπτωση διαθέσιμη και για τους προ­­πτυχιακούς φοι­τητές που παρακολουθούν σε­μ­ινάρια της συγκεκριμένης ειδί­κευ­σης. Επίσης, τα βιβλία που αγοράζονται με έξοδα του εργαστηρίου (ενδεικτικά αναφέρεται η πρό­σφα­τα αποκτηθείσα σειρά «Dumbarton Oaks Medieval Library») εντάσσονται στις συλλογές της Κεντρικής Βι­βλι­ο­θή­κης του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, ώστε να βρίσκο­νται στη διάθεση όλων των φοι­­τητών και των μελών ΔΕΠ του Τμήματος Φιλολογίας και των υπόλοιπων Τμη­μά­των του Πανεπιστημίου.

Στις δράσεις του εργαστηρίου Μεσαιωνικής Ελληνικής Φιλολογίας περιλαμ­βά­νο­νται οι προσκλήσεις ομιλητών για την πραγματοποίηση διαλέξεων, οι οποίες απευ­θύ­νονται τόσο σε μεταπτυχιακούς φοι­τη­τές όσο και σε προπτυχιακούς φοιτητές της ει­δί­κευσης ΜΝΕΦ, καθώς και η διορ­­γά­νωση/συνδιοργάνωση ημερί­δων και εκδηλώσεων, οι οποίες επίσης εί­ναι ανοι­χτές και για τους προπτυχιακούς φοι­τη­τές· ενδεικτικά ανα­φέ­ρονται η Α´ Επιστημονική Συνάντηση για τη Δημώδη Βυζαντινή και Μεταβυζα­ντι­νή Λογο­τεχνία (Ιούνιος 2019) και η παρουσίαση του βιβλίου «Realia By­zantina» προς τι­μήν του Ομότιμου Καθηγητή Απόστολου Καρπόζηλου (Οκτώβριος 2009). Τέλος, σε συ­νεργασία με το Πρόγραμμα Με­τα­πτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Φιλο­λογίας (ει­δί­κευ­ση ΜΝΕΦ, κατεύ­θυνση ΜΕΦ) έχει οργανώσει εκπαιδευτική εκδρο­μή στην Κωνστα­ντι­νούπολη (Απρί­λιος 2009) με τη συμμετοχή τόσο μεταπτυχιακών όσο και προπτυ­χια­κών φοιτη­τών.